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| 【東棟】 | 【南棟】 | |
| 8階 |
講堂・会議室 |
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| 事務室 | 7階 |
事務室 |
| 外来（第二小児科・眼科）他 | 6階 | 南6病棟（糖尿病 内分泌内科・消化器内科・腫瘍内科・婦人科） |
| 東5病棟（形成外科・脳神経外科・皮膚科・歯科口腔外科） | 5階 | 脊椎センター（整形外科） |
| 人工関節センター（整形外科） | 4階 | 南4病棟（外科・糖尿病 内分泌内科） |
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東3病棟（小児科・眼科） NICU・GCU（総合周産期母子医療センター） |
3階 | 南3病棟（循環器内科・心臓血管外科） ICU |
| 手術棟 | 2階 | 外来（小児科・皮膚科・産婦人科・耳鼻咽喉科） |
| 外来（内科 総合診療科・消化器内科・腫瘍内科・糖尿病 内分泌内科・脳神経内科・循環器内科・外科・消化器外科・乳腺外科・肛門外科・整形外科・心臓血管外科・脳神経外科）、中央採血室、エコーセンター | 1階 | 総合案内・受診相談・救急外来・防災センター・ローソン函館中央病院・院外処方FAXコーナー・入院セット申込窓口 |
| MRI検査室・栄養室（厨房）・骨塩定量検査室・脳波検査室 | 地階 |
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| 【中央棟】 | 【北棟】 | |
| 中央5病棟（整形外科・泌尿器科） | 5階 | リハビリテーションセンター |
| 中央4病棟（消化器内科・耳鼻咽喉科） | 4階 | 健康管理センター・透析室 |
| 外来化学療法センター、病理診断科、外来（メンタルヘルス科） | 3階 | 周産期センター（総合周産期母子医療センター） |
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外来（形成外科・泌尿器科・麻酔科） 中央検査室 |
2階 | 放射線科(一般・CT・TV・心カテ・パノラマ・マンモ) |
| 新患受付・会計・入院受付・総合医療支援センター（地域医療連携室・医療福祉相談室・こども子育て支援室・入退院支援室）・外来（歯科口腔外科）・栄養相談室・RI検査室・ドトールコーヒーショップ函館中央病院店・銀行ATM（みちのく・北洋） | 1階 | 内視鏡センター・中央材料室 |